Jelentős természeti változásokat okozhat a Dunába épített paksi fenékküszöb, különösen a műtárgy feletti első egy kilométeres folyószakaszon – derült ki a beruházás környezeti hatásvizsgálatából, amelyet az Átlátszó ismertetett. A természetvédelmi szakértők szerint a víz lelassulása, a meder átalakítása és a halak vándorlásának akadályozása egyaránt kedvezőtlenül érintheti a folyó élővilágát.
Az építkezés során mintegy 57 500 négyzetméternyi természetes mederfelületet borítottak be kővel, ami a fenéklakó élőlények egy részének pusztulásához, illetve élőhelyük megszűnéséhez vezetett. A műtárgy működése során elsősorban alacsony vízállásnál lassulhat le jelentősen a víz áramlása. Ez ronthatja az olyan, gyorsabb folyású vizet kedvelő halfajok életfeltételeit, mint a német bucó, a paduc és a márna. A szakértők becslése szerint szélsőséges nyári melegben a víz hőmérséklete 0,1–0,2 Celsius-fokkal is emelkedhet a fenékküszöb feletti szakaszon.
A műtárgy a halak vándorlását is nehezíti. Míg egyes nagyobb testű halak megfelelő vízsebesség mellett át tudnak jutni a hatméteres akadályon, a kisebb testű és fenéklakó fajok, valamint a halivadékok számára az átkelés akár lehetetlenné is válhat. A probléma különösen a március és június közötti vándorlási időszakban jelentős.
A kedvezőtlen hatások ellensúlyozására a természetvédelmi szakértők egy, a Duna jobb partja mentén kialakítandó, hét kilométer hosszú másodlagos csatorna létrehozását javasolták. Ez megfelelő élőhelyet biztosíthatna az áramláskedvelő fajok számára. A WWF Magyarország ugyanakkor továbbra is ideiglenes, vészhelyzeti megoldásnak tekinti a fenékküszöböt, és egy hosszabb távon fenntartható alternatíva kidolgozását sürgeti.
A beruházás környezetvédelmi engedélyezési eljárása jelenleg is folyamatban van, noha az építkezés már a befejezéséhez közeledik. A vízügy igazgatója a közmeghallgatáson december közepére jelezte előre a műtárgy elkészültét. A hajózhatóság biztosítása érdekében az eredetileg 150 méteresre tervezett nyílást 200 méteresre bővítenék.
